Ủy ban 11 tháng 9 đã công bố chi tiết về chuyến bay 93.

Chuyến bay cất cánh vào lúc 8 giờ 42, giờ địa phương, 42 phút trễ hơn dự định. Nếu chuyến bay đã cất cánh đúng giờ, có lẽ nó đã bị không tặc cùng lúc với 3 chuyến còn lại, và hành khách đã không có cơ hội chống cự.

9 giờ 22 phút sáng, tổ lái nhận được một thông điệp từ kiểm soát không lưu, cảnh báo về nguy cơ đột nhập vào buồng lái. Nội dung thông điệp là "Beware any cockpit intrusion -- two a/c [aircraft] hit World Trade Center" (Thận trọng việc xâm nhập buồng lái - hai phi cơ đã đâm vào Trung tâm Thương mại Thế giới). 2 phút sau, phi công yêu cầu xác minh thông điệp (đó là liên lạc cuối cùng của chuyến bay 93 với mặt đất). 2 phút sau nữa, bọn không tặc đã chiếm giữ được máy bay.

Khoảng 9 giờ 28, kiểm soát không lưu ở Cleveland tình cờ nghe được một số tiếng thét từ buồng lái của chuyến bay. 40 giây sau, nhiều tiếng la thét nũa đã được nghe. Trong khoảng thời gian trên, máy bay hạ độ cao 200 m. Kiểm soát không lưu đã cố liên lạc, tuy nhiên đã không có hồi âm. 9 giờ 32 phút, kiểm soát không lưu nhận được một thông điệp tiếng Anh phát âm theo kiểu Ả Rập (có thể là từ Ziad Jarrah - tên không tặc đang điều khiển phi cơ). Nội dung thông điệp đó như sau "Ladies and gentlemen, here [is] the captain, please sit down, keep remaining sitting. We have a bomb on board. So sit." (Thưa quý ông quý bà, đây là phi trưởng, xin làm ơn ngồi xuống, giữ yên vị trí. Chúng ta có một quả bom trên máy bay. Vì thế hãy ngồi xuống.") Rõ ràng là thông điệp vô tình được gửi đến kiểm soát không lưu, thay vì đến với hành khách.

Chuyến bay chuyển ngược hướng lại, bay về phía tây. 9 giờ 39, kiểm soát không lưu lại tình cờ nghe thấy giọng nói: "Uh, this is the captain. Would like you all to remain seated. There is a bomb on board, and [we] are going back to the airport, and to have our demands [unintelligible]. Please remain quiet." (Ờ, đây là phi trưởng. Xin các bạn ở trong ghế của mình. Có một quả bom trên máy bay, và chúng tôi/ta đang quay trở lại phi trường, và để cho yêu cầu của chúng tôi [không hiểu?] Xin giữ im lặng.)

10 giờ 03 sáng, chiếc máy bay đâm xuống một cánh đồng tại Xã Stonycreek gần Shanksville, Pennsylvania. Theo lời kể của nhân chứng, chiếc máy bay bay bay chổng ngược và lắc lư trước khi đâm xuống mặt đất. Vận tốc va chạm là khoảng 933 km/h. Sự va chạm đã tạo nên một hố sâu 35 m. Tất cả những người trên máy bay thiệt mạng.

Mục tiêu của vụ không tặc là nhắm vào Washington, D.C., đâm vào Nhà Trắng hoặc nhiều cơ hội hơn là Điện Capitol. Mặc dù thiệt hại về người không cao hơn, nếu như bọn không tặc đã thành công (vì cả hai tòa nhà đều đã được di tản vào lúc 9 giờ 45) nhưng nó tạo hậu quả tâm lý nặng lên công chúng Mỹ.